He recibido una factura y en ella no constan mis créditos aplicados como descuentos, por lo que no no me cuadra con el total pagado.

Según el Instituto de Contabilidad y Auditoría de Cuentas (ICAC), los vales regalo que se entregan por una empresa en el momento de realizar la venta del producto, y los puntos canjeables por descuentos en ventas, constituyen para el cliente el medio de pago que en el futuro aceptará la empresa a cambio de la correspondiente entrega de bienes.
Por esta razón tus créditos no constarán en tu factura como descuento; porque se consideran un método de pago.